set_bases

introduction

Le programme set_bases situé dans :

  • Windows : C:\Program Files\MedinTux-V2.14\bin\set_bases.exe
  • MacOS : /Applications/MedinTux-V2.14/Programmes/set_bases/bin/set_bases.app
  • Linux : /home/moncompte/MedinTux-V2.14/Programmes/set_bases/bin/set_bases

est un peu le couteau suisse de MedinTux. Il permet d'effectuer:

  1. La connexion de MedinTux à MySQL
  2. Des opérations de manipulation des données MySQL (installation, sauvegardes)
  3. La mise à jour vers une nouvelle version de MedinTux (ex : V2.13 → v2.14)
  4. La mise en réseau
  5. L'installation et le paramétrage des bases thérapeutiques (Vidal)
  6. L'installation des composants Sesam-Vitale
  7. La recompilation de la suite Medintux (sous linux & Mac).

Connexion de MedinTux à MySQL

MedinTux gère ses données au travers d'un gestionnaire de bases de données SQL, on dit aussi serveur de données SQL.

Celui actuellement choisi est MySQL (il doit impérativement avoir déjà été installé et activé).

Le serveur de données MySQL étant actif, communique avec les applications (dites clientes du serveur) au travers d'une liaison internet TCP IP.

Cette particularité est très commode et facilite notamment la mise en réseau de votre installation, car elle permet à MedinTux de communiquer avec des bases de données MySQL distantes, pouvant être n'importe où dans le monde, sur votre réseau local et même sur la même machine que MedinTux (cas le plus fréquent dans les configurations mono-postes).

Medintux a donc besoin pour fonctionner, de se connecter à MySQL, et de s'y identifier. Bien sûr, il faut d'abord que le serveur MySQL auquel MedinTux va se connecter soit déjà paramétré pour accepter les paramètres de connexion avec lesquels il va s'identifier au serveur. Voir ici pour paramétrer MySQL.

Pour se connecter à MySQL, il faut renseigner les paramètres d'accès au serveur dans les champs suivants :

  • Le nom d'utilisateur MySQl
  • Le mot de passe de l'utilisateur MySQL.
  • L'adresse IP du serveur MySQL.
  • Le port de connexion (en général 3306)
Si MySQL est installé sur la même machine que MedinTux (mono-poste), l'adresse IP qu'il faut renseigner est 127.0.0.1 qui signifie “ici même” ou “soit même” en informatique des réseaux.

puis cliquez sur le bouton 'Se connecter à la base de données' qui devrait aboutir sur le message suivant dans le cas où la connexion a réussie :

Si la connexion à MySQL est réussie l'onglet 'Installation des bases' devient actif et vous permet d'installer ou réinstaller les bases de données par défaut (minimales) nécessaires au fonctionnement de MedinTux.

de même, le bouton d'installation du Vidal Datasemp devient actif.

Si vous désirez mémoriser cette connexion dans vos favoris, cliquez sur le bouton

Si vous désirez accéder à un favori, déroulez la combobox suivante et choisissez-y le favori souhaité

Si vous désirez effacer un favori, déroulez la combobox et choisissez-y le favori souhaité, puis cliquez sur le bouton :

Manipulation des bases de données

Installation des bases de données

Lors de la première installation de MedinTux, après avoir réussie à connecter set_base à MySQL, il vous faut installer les bases de données minimales requises au fonctionnement de MedinTux.

En effet, l'écran ci-dessous signale que la connexion est réussie, mais que les bases sont absentes :

Cliquez sur le bouton 'Installer les bases de MedinTux' afin d'installer les bases de données nécessaires au fonctionnement de MedinTux.

set_bases affiche allors une barre de progression et la fenêtre de messages avec les bases et tables en cours d'installation.

Le message suivant confirmera la fin de l'installation des bases de données.

Résumé des bases de données

  • DrTuxTest : est très importante et contient tous les dossiers patients. La réinstaller revient à effacer tous les dossiers des patients.
  • MedicaTuxTest : contient les données indexées de la base thérapeutique. Les posologies personnelles y sont stockées.
  • BaseGetTest : contient les données elles-mêmes de la base thérapeutique.
  • CIM10Test : est le dictionnaire CIM10 et ne change pas au cours de l'utilisation de MedinTux
  • CCAMTest : est le dictionnaire CCAM et ne change que pour les favoris et thésaurus utilisateurs.
  • QLaboFTPTest : reçoit tous les examens de laboratoire HPRIM .
  • Comptabilite : contient les actes de comptabilité.

Sauvegarde & Restauration d'une BDD

À LIRE AVANT TOUTE RESTAURATION D'UNE BASE DE DONNÉES

La restauration d'une base de données écrasera l'ancienne base. Afin d'éviter la perte des données anciennes, elle sont sauvegardées dans une base de secours portant le même nom que la base de données en cours, suivi d'une mention ressemblant à cela : Back20101104201003

Exemple DrTuxTestBack20101104201003 où :

  • Les quatres premiers caractères sont l'année : ici 2010
  • Les deux suivants sont le mois : ici 11
  • Les deux suivants sont le jour : ici 04
  • Les deux suivants sont l'heure : ici 20
  • Les deux suivants sont les minutes : ici 10
  • Les deux suivants sont les secondes : ici 03
  • de l'instant de la sauvegarde.

Cela permet si vous avez fait cette opération par erreur de récupérer vos anciennes données.

Cliquez sur le bouton 'Restaurer un fichier SQL'

il vous sera demandé par l'intermédiaire du sélecteur de fichiers, de choisir le fichier SQL à restaurer. puis si il est valide, il sera exécuté. EN ÉCRASANT TOUTES LES DONNÉES DÉJÀ SAISIES. cette restauration opère certains contrôles concernant la validité du fichier.

Après la restauration, il sera possible de retourner en arrière en replaçant la base de secours.

Ce fichier SQL doit être le 'Dump' SQL d'une base unique. Il ne doit pas être le 'Dump' d'un ensemble de bases comme le permettent les outils de sauvegarde de données. Exemple : pour DrTuxTest il ne peut être restauré que les données provenant d'un 'Dump' de la base DrTuxTest seule. Lors de vos sauvegardes SQL, faites un 'Dump' séparé pour chaque base.

Exemple :

  • Dump d'une base de 110000 patients de DrTux à l'aide de MysQL Administrator,

cela produira un fichier : DtTuxTest_20100923_0131.sql de 3.1 Giga-octets.

  • Restauration de cette base patients de DrTux à l'aide de set_bases

Réinstallation d'une base de données

À LIRE AVANT TOUTE RÉINSTALLATION D'UNE BASE DE DONNÉES

La réinstallation d'une base de données écrasera l'ancienne base. Afin d'éviter la perte des données anciennes, elle sont sauvegardées dans une base de secours portant le même nom que la base de données en cours, suivi d'une mention ressemblant à cela : Back20101104201003

exemple DrTuxTestBack20101104201003 où :

  • Les quatres premiers caractères sont l'année : ici 2010
  • Les deux suivants sont le mois : ici 11
  • Les deux suivants sont le jour : ici 04
  • Les deux suivants sont l'heure : ici 20
  • Les deux suivants sont les minutes : ici 10
  • Les deux suivants sont les secondes : ici 03
  • de l'instant de la sauvegarde.

Cela permet si vous avez fait cette opération par erreur de récupérer vos anciennes données.

Sélectionnez la base à réinstaller à l'aide de la ComboBox déroulante

puis cliquez sur le bouton 'Installer les bases de MedinTux' il vous sera demandé une confirmation, car une réinstallation réinitialise la base de données telle qu'elle était au premier démarrage de MedinTux, EN ÉCRASANT TOUTES LES DONNÉES DÉJÀ SAISIES au cours de l'utilisation de MedinTux.

Mise à jour de MedinTux

Lorsque Set_base se connecte avec succès à la base de données, il vérifie que le classement des données correspond à la version de MedinTux utilisée.

En effet, à chaque nouvelle version de MedinTux, de nouvelles entrées peuvent être crées dans la base de donnée, ou son classement peut être modifié (souvent dans un soucis d'optimisation). La mise à jour de MedinTux entraîne donc la nécessité d'effectuer des opérations de mise à jour sur la base de données.

Pré-requis

Une fois téléchargé la nouvelle version de MedinTux, le répertoire d'installation de vos programme doit donc contenir 2 dossiers relatifs à MedinTux :

  1. Le répertoire de l'ancienne version avec lequel vous travailliez jusqu'à présent. Exemple : MedinTux-V2.13
  • Le répertoire de la nouvelle version que vous venez d'installer. Exemple: MedinTux-V2.14

Déroulement

Tout d'abord, exécutez le programme Set_base situé dans le répertoire de la nouvelle version de MedinTux.

Si il est nécessaire de faire une mise à jour, la procédure de mise à jour se lance et vous demande de localiser le répertoire de MedinTux avec lequel vous travaillez habituellement.

Dans notre exemple : MedinTux-V2.13

  1. Cliquez sur le bouton 'Localiser le répertoire de MedinTux à mettre à jour'
  2. choisissez à l'aide du navigateur de fichiers, le répertoire de l'ancienne version avec lequel vous travailliez jusqu'à présent. Dans notre exemple : MedinTux-V2.13
  3. Confirmez en cliquant sur le bouton 'Ok' puis attendez la fin des opérations de mise à jour.

Explications

Le fait d'indiquer au nouveau MedinTux le répertoire de l'ancien lui indique le chemin pour récupérer différents fichiers que vous avez pu créer ou modifier. Le Glossaire de travail de votre nouvelle version sera ainsi augmenté des éléments que vous avez pu être amené à créé avec votre ancienne version de MedinTux.

Mise en réseau

Installation des bases thérapeutiques

FIXME

Installation des composants Sesam-Vitale

FIXME

Compilation de la suite MedinTux

La compilation de la suite MedinTux est possible seulement sous Linux et MacOS.

Les prérequis à la compilation

  • Disposer des sources de MedinTux : à charger sur le site de l'Adullact.
  • Environnement de compilation GCC et sources QT :
  • l'installeur de paquets de votre distribution linux devrait convenir.
  • Sous Mac installer XCode à partir des CD d'origine.
  • Sous Linux installer le SDK QT4 qtcreator : disponible sur le site de QT choisissez celui correspondant à votre processeur et environnement, installez le en mode Administrateur afin qu'il se place dans le répertoire /opt/. exemple : /opt/qtsdk-2010.05
  • Sous Mac : compilation de QT 3.3.8 avec prise en charge directe du driver MySQL dans le répertoire de MedinTux/Programmes/Qt ET compilation de Qt 4.7.0 avec prise en charge directe du driver MySQL en /usr/local/Trolltech/Qt-4.7.0

Localisation de l'environnement de compilation

Sous Linux

Lancez set_bases et cliquez sur l'onglet 'Compilation'

  • Localisez le répertoire de QT3. Le plus souvent set_bases devrait en proposer un valide, mais si votre installation de Qt est différente de celle recommandée, il sera à préciser.
  • Localisez le répertoire du QT4. (bouton localiser Sdk de Qt4) Si votre installation est classiquement faite set_bases devrait en proposer un valide. Si vous l'avez placé ailleurs qu'en /opt/ il vous faudra le localiser à l'aide du bouton 'Localisez le Sdk de QT4'.

Sous MAC

Mettez vous sous console root (mode Administrateur su etc…) placez vous dans le répertoire /Programmes/set_bases/bin et lancez set_bases à l'aide du script set_basesMac.sh en tapant la commande suivante ./set_basesMac.sh et cliquez sur l'onglet 'Compilation'

  • Localisez le répertoire de QT3. Sur mac il est recommandé d'installer et compiler Qt 3.3.8 avec le support direct de MySQL en /MedinTux/Programmes/Qt) Dans ce cas set_bases devrait en proposer un valide, mais si vous l'avez placé ailleurs, il vous faudra le relocaliser à l'aide du bouton 'Localisez le répertoire de QT3'.
  • Localisez le répertoire du SDK QT4. Si votre installation du SQK est classiquement faite set_bases devrait en proposer un valide. Si vous l'avez placé ailleurs qu'en /usr/local/Trolltech/Qt-4.7.0 il vous faudra le relocaliser à l'aide du bouton 'Localisez le Sdk de QT4'.

Choisir le module à recompiler

cliquez sur la liste de choix située à droite du bouton 'Compilation des exécutables' Choisissez l'option Tous les programmes pour compiler tous les modules ou choisissez l'option corrspondant au module que vous désirez compiler.

Compilation

Cliquez sur le bouton 'Compilation des exécutables'. La fenêtre d'information vous listera les messages du compilateur, Seront en rouge les erreurs bloquantes ne permettant pas la création de l'exécutable. si de telles erreurs apparaissent il convient de les signaler afin que l'on trouve une solution. Seront en jaune clair les avertissements sans conséquence sur la génération de l'exécutable.

set_bases.txt · Dernière modification: 2011/10/15 14:25 par admin